Учтены ли в программе новые нормы НР для автодорог, мостов, перевозки рабочих по приказу Минстроя от 02.09.2021 г. № 636/пр?

Да, учтены. Для проверки перенесите  расценку из соответствующих разделов и сравните указанный в ней  норматив накладных расходов со значением, приведенным в приказе  (автомобильные дороги (за исключением пункта 21.1) — 147, мосты и трубы — 140, перевозка работников автомобильным транспортом  — 100).

Либо в технической части нормативов накладных расходов по видам работ проверьте наличие фразы «С УЧЕТОМ приказа Министерства строительства и жилищно-коммунального хозяйства Российской Федерации от 02.09.2021 г. №636/пр».