Можно ли автоматически пересчитать смету по новой Методике по приказу № 421/пр?

Нет, автоматического перевода нет. Нужно из старой сметы скопировать все расценки, внести в шаблон «Шаблон 421пр базисно-индексный» и назначить единый квартальный коэффициент от Минстроя России в зависимости от региона и вида объекта строительства.