Нужно ли применять понижающие коэффициенты 0,85 к НР и 0,8 к СП при применении прогнозных индексов Минстроя РФ?

Нет, не нужно, поскольку эти индексы разработаны с учетом письма Госстроя от 27 ноября 2012 г. №2536-ИП/12/ГС, которым понижающие коэффициенты вводились.